Peygamberimiz son haccını yaptıktan iki ay kadar sonra Cennetül-baki adı verilen mezarlığa gitmiş, burada dualar etmişti. Ziyaretten bir gün sonra hastalandı ve hastalığı onüç gün devam etti. Bu sürede, kendisini ziyarete gelen Müslümanlara öğütler veriyor, kendisinin bir insan olduğunu, herkes gibi öleceğini hatırlatıyordu.
Vefat edeceği gün, Peygamberimiz sanki iyileşmişti. Müslümanlar Hz. Ebu Bekir’in imamlığında sabah namazını kılıyorlardı. Peygamberimiz mescide açılan kapısını açtı. Onların namaz kılışlarını seyretti; yüzü aydınlandı. Tekrar odasına çekildi. Öğleye doğru ateşi tekrar yükseldi. Ateşini düşürmek için yanında bulunan kaptaki suya ellerini daldırıyor, yüzünü, boynunu ıslatıyordu. Bir taraftan da şöyle diyordu.
“–La ilahe illallah… Ölümün de şiddetlisi var… Allah’ım günahlarımı bağışla, bana merhamet et, beni yüce dosta kavuştur.”
Kızı Fatıma çaresizlik için ağlıyordu. Peygamberimiz ona:
“–Üzülme kızım, baban bugünden sonra bir daha hiç acı ve üzüntü çekmeyecek” dedi.
Peygamberimiz dilinden La ilah illallah cümlesini düşürmeyerek 13 Rebiulevvel 11 (8 Haziran 632) tarihinde Pazartesi günü vefat etti. Ölmeden önce son sözü: “En Yüce Dosta…!” kelimeleri oldu.
Peygamberimizin vefatı müslümanları derinden üzdü. Hz Ebubekir durumu kabullenirken, Hz Ömer bu durumu kabullenemedi. Sahabelerin çoğu üzüntüden yerinden kımıldayamadı. Uzun süren şok dalgasından sonra, müslümanlar Hz Ebubekir'in önderliğinde durumu kavradı ve aslolanın peygamberin mirası olan Kur'an'ı yaşamak ve sünneti ayakta tutmak olduğunu anladılar.